; ; File 'elac21.top' was generated ; By user: AJ (501) ; On host: adam.vislab.uq.edu.au ; At date: Mon Sep 12 16:08:51 2005 ; ; This is your topology file ; "My Heart is Just a Muscle In a Cavity" (F. Black) ; ; Include forcefield parameters #include "ffG43a1.itp" [ moleculetype ] ; Name nrexcl Protein 3 [ atoms ] ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB 1 NL 1 MET N 1 -0.83 14.0067 ; qtot -0.83 2 H 1 MET H1 1 0.415 1.008 ; qtot -0.415 3 H 1 MET H2 1 0.415 1.008 ; qtot 0 4 CH1 1 MET CA 2 0 13.019 ; qtot 0 5 CH2 1 MET CB 2 0 14.027 ; qtot 0 6 CH2 1 MET CG 2 0 14.027 ; qtot 0 7 S 1 MET SD 3 0 32.06 ; qtot 0 8 CH3 1 MET CE 3 0 15.035 ; qtot 0 9 C 1 MET C 4 0.38 12.011 ; qtot 0.38 10 O 1 MET O 4 -0.38 15.9994 ; qtot 0 11 N 2 LYSH N 5 -0.28 14.0067 ; qtot -0.28 12 H 2 LYSH H 5 0.28 1.008 ; qtot 0 13 CH1 2 LYSH CA 6 0 13.019 ; qtot 0 14 CH2 2 LYSH CB 6 0 14.027 ; qtot 0 15 CH2 2 LYSH CG 7 0 14.027 ; qtot 0 16 CH2 2 LYSH CD 7 0 14.027 ; qtot 0 17 CH2 2 LYSH CE 8 0.127 14.027 ; qtot 0.127 18 NL 2 LYSH NZ 8 0.129 14.0067 ; qtot 0.256 19 H 2 LYSH HZ1 8 0.248 1.008 ; qtot 0.504 20 H 2 LYSH HZ2 8 0.248 1.008 ; qtot 0.752 21 H 2 LYSH HZ3 8 0.248 1.008 ; qtot 1 22 C 2 LYSH C 9 0.38 12.011 ; qtot 1.38 23 O 2 LYSH O 9 -0.38 15.9994 ; qtot 1 24 N 3 GLN N 10 -0.28 14.0067 ; qtot 0.72 25 H 3 GLN H 10 0.28 1.008 ; qtot 1 26 CH1 3 GLN CA 11 0 13.019 ; qtot 1 27 CH2 3 GLN CB 11 0 14.027 ; qtot 1 28 CH2 3 GLN CG 11 0 14.027 ; qtot 1 29 C 3 GLN CD 12 0.38 12.011 ; qtot 1.38 30 O 3 GLN OE1 12 -0.38 15.9994 ; qtot 1 31 NT 3 GLN NE2 13 -0.83 14.0067 ; qtot 0.17 32 H 3 GLN HE21 13 0.415 1.008 ; qtot 0.585 33 H 3 GLN HE22 13 0.415 1.008 ; qtot 1 34 C 3 GLN C 14 0.38 12.011 ; qtot 1.38 35 O 3 GLN O 14 -0.38 15.9994 ; qtot 1 36 N 4 LEU N 15 -0.28 14.0067 ; qtot 0.72 37 H 4 LEU H 15 0.28 1.008 ; qtot 1 38 CH1 4 LEU CA 16 0 13.019 ; qtot 1 39 CH2 4 LEU CB 16 0 14.027 ; qtot 1 40 CH1 4 LEU CG 17 0 13.019 ; qtot 1 41 CH3 4 LEU CD1 17 0 15.035 ; qtot 1 42 CH3 4 LEU CD2 17 0 15.035 ; qtot 1 43 C 4 LEU C 18 0.38 12.011 ; qtot 1.38 44 O 4 LEU O 18 -0.38 15.9994 ; qtot 1 45 N 5 ALA N 19 -0.28 14.0067 ; qtot 0.72 46 H 5 ALA H 19 0.28 1.008 ; qtot 1 47 CH1 5 ALA CA 20 0 13.019 ; qtot 1 48 CH3 5 ALA CB 20 0 15.035 ; qtot 1 49 C 5 ALA C 21 0.38 12.011 ; qtot 1.38 50 O 5 ALA O 21 -0.38 15.9994 ; qtot 1 51 N 6 ASP N 22 -0.28 14.0067 ; qtot 0.72 52 H 6 ASP H 22 0.28 1.008 ; qtot 1 53 CH1 6 ASP CA 23 0 13.019 ; qtot 1 54 CH2 6 ASP CB 23 0 14.027 ; qtot 1 55 C 6 ASP CG 24 0.27 12.011 ; qtot 1.27 56 OM 6 ASP OD1 24 -0.635 15.9994 ; qtot 0.635 57 OM 6 ASP OD2 24 -0.635 15.9994 ; qtot 0 58 C 6 ASP C 25 0.38 12.011 ; qtot 0.38 59 O 6 ASP O 25 -0.38 15.9994 ; qtot 0 60 N 7 SER N 26 -0.28 14.0067 ; qtot -0.28 61 H 7 SER H 26 0.28 1.008 ; qtot 0 62 CH1 7 SER CA 27 0 13.019 ; qtot 0 63 CH2 7 SER CB 28 0.15 14.027 ; qtot 0.15 64 OA 7 SER OG 28 -0.548 15.9994 ; qtot -0.398 65 H 7 SER HG 28 0.398 1.008 ; qtot 0 66 C 7 SER C 29 0.38 12.011 ; qtot 0.38 67 O 7 SER O 29 -0.38 15.9994 ; qtot 0 68 N 8 LEU N 30 -0.28 14.0067 ; qtot -0.28 69 H 8 LEU H 30 0.28 1.008 ; qtot 0 70 CH1 8 LEU CA 31 0 13.019 ; qtot 0 71 CH2 8 LEU CB 31 0 14.027 ; qtot 0 72 CH1 8 LEU CG 32 0 13.019 ; qtot 0 73 CH3 8 LEU CD1 32 0 15.035 ; qtot 0 74 CH3 8 LEU CD2 32 0 15.035 ; qtot 0 75 C 8 LEU C 33 0.38 12.011 ; qtot 0.38 76 O 8 LEU O 33 -0.38 15.9994 ; qtot 0 77 N 9 MET N 34 -0.28 14.0067 ; qtot -0.28 78 H 9 MET H 34 0.28 1.008 ; qtot 0 79 CH1 9 MET CA 35 0 13.019 ; qtot 0 80 CH2 9 MET CB 35 0 14.027 ; qtot 0 81 CH2 9 MET CG 35 0 14.027 ; qtot 0 82 S 9 MET SD 36 0 32.06 ; qtot 0 83 CH3 9 MET CE 36 0 15.035 ; qtot 0 84 C 9 MET C 37 0.38 12.011 ; qtot 0.38 85 O 9 MET O 37 -0.38 15.9994 ; qtot 0 86 N 10 GLN N 38 -0.28 14.0067 ; qtot -0.28 87 H 10 GLN H 38 0.28 1.008 ; qtot 0 88 CH1 10 GLN CA 39 0 13.019 ; qtot 0 89 CH2 10 GLN CB 39 0 14.027 ; qtot 0 90 CH2 10 GLN CG 39 0 14.027 ; qtot 0 91 C 10 GLN CD 40 0.38 12.011 ; qtot 0.38 92 O 10 GLN OE1 40 -0.38 15.9994 ; qtot 0 93 NT 10 GLN NE2 41 -0.83 14.0067 ; qtot -0.83 94 H 10 GLN HE21 41 0.415 1.008 ; qtot -0.415 95 H 10 GLN HE22 41 0.415 1.008 ; qtot 0 96 C 10 GLN C 42 0.38 12.011 ; qtot 0.38 97 O 10 GLN O 42 -0.38 15.9994 ; qtot 0 98 N 11 LEU N 43 -0.28 14.0067 ; qtot -0.28 99 H 11 LEU H 43 0.28 1.008 ; qtot 0 100 CH1 11 LEU CA 44 0 13.019 ; qtot 0 101 CH2 11 LEU CB 44 0 14.027 ; qtot 0 102 CH1 11 LEU CG 45 0 13.019 ; qtot 0 103 CH3 11 LEU CD1 45 0 15.035 ; qtot 0 104 CH3 11 LEU CD2 45 0 15.035 ; qtot 0 105 C 11 LEU C 46 0.38 12.011 ; qtot 0.38 106 O 11 LEU O 46 -0.38 15.9994 ; qtot 0 107 N 12 ALA N 47 -0.28 14.0067 ; qtot -0.28 108 H 12 ALA H 47 0.28 1.008 ; qtot 0 109 CH1 12 ALA CA 48 0 13.019 ; qtot 0 110 CH3 12 ALA CB 48 0 15.035 ; qtot 0 111 C 12 ALA C 49 0.38 12.011 ; qtot 0.38 112 O 12 ALA O 49 -0.38 15.9994 ; qtot 0 113 N 13 ARG N 50 -0.28 14.0067 ; qtot -0.28 114 H 13 ARG H 50 0.28 1.008 ; qtot 0 115 CH1 13 ARG CA 51 0 13.019 ; qtot 0 116 CH2 13 ARG CB 51 0 14.027 ; qtot 0 117 CH2 13 ARG CG 51 0 14.027 ; qtot 0 118 CH2 13 ARG CD 52 0.09 14.027 ; qtot 0.09 119 NE 13 ARG NE 52 -0.11 14.0067 ; qtot -0.02 120 H 13 ARG HE 52 0.24 1.008 ; qtot 0.22 121 C 13 ARG CZ 52 0.34 12.011 ; qtot 0.56 122 NZ 13 ARG NH1 52 -0.26 14.0067 ; qtot 0.3 123 H 13 ARG HH11 52 0.24 1.008 ; qtot 0.54 124 H 13 ARG HH12 52 0.24 1.008 ; qtot 0.78 125 NZ 13 ARG NH2 52 -0.26 14.0067 ; qtot 0.52 126 H 13 ARG HH21 52 0.24 1.008 ; qtot 0.76 127 H 13 ARG HH22 52 0.24 1.008 ; qtot 1 128 C 13 ARG C 53 0.38 12.011 ; qtot 1.38 129 O 13 ARG O 53 -0.38 15.9994 ; qtot 1 130 N 14 GLN N 54 -0.28 14.0067 ; qtot 0.72 131 H 14 GLN H 54 0.28 1.008 ; qtot 1 132 CH1 14 GLN CA 55 0 13.019 ; qtot 1 133 CH2 14 GLN CB 55 0 14.027 ; qtot 1 134 CH2 14 GLN CG 55 0 14.027 ; qtot 1 135 C 14 GLN CD 56 0.38 12.011 ; qtot 1.38 136 O 14 GLN OE1 56 -0.38 15.9994 ; qtot 1 137 NT 14 GLN NE2 57 -0.83 14.0067 ; qtot 0.17 138 H 14 GLN HE21 57 0.415 1.008 ; qtot 0.585 139 H 14 GLN HE22 57 0.415 1.008 ; qtot 1 140 C 14 GLN C 58 0.38 12.011 ; qtot 1.38 141 O 14 GLN O 58 -0.38 15.9994 ; qtot 1 142 N 15 VAL N 59 -0.28 14.0067 ; qtot 0.72 143 H 15 VAL H 59 0.28 1.008 ; qtot 1 144 CH1 15 VAL CA 60 0 13.019 ; qtot 1 145 CH1 15 VAL CB 60 0 13.019 ; qtot 1 146 CH3 15 VAL CG1 60 0 15.035 ; qtot 1 147 CH3 15 VAL CG2 60 0 15.035 ; qtot 1 148 C 15 VAL C 61 0.38 12.011 ; qtot 1.38 149 O 15 VAL O 61 -0.38 15.9994 ; qtot 1 150 N 16 SER N 62 -0.28 14.0067 ; qtot 0.72 151 H 16 SER H 62 0.28 1.008 ; qtot 1 152 CH1 16 SER CA 63 0 13.019 ; qtot 1 153 CH2 16 SER CB 64 0.15 14.027 ; qtot 1.15 154 OA 16 SER OG 64 -0.548 15.9994 ; qtot 0.602 155 H 16 SER HG 64 0.398 1.008 ; qtot 1 156 C 16 SER C 65 0.38 12.011 ; qtot 1.38 157 O 16 SER O 65 -0.38 15.9994 ; qtot 1 158 N 17 ARG N 66 -0.28 14.0067 ; qtot 0.72 159 H 17 ARG H 66 0.28 1.008 ; qtot 1 160 CH1 17 ARG CA 67 0 13.019 ; qtot 1 161 CH2 17 ARG CB 67 0 14.027 ; qtot 1 162 CH2 17 ARG CG 67 0 14.027 ; qtot 1 163 CH2 17 ARG CD 68 0.09 14.027 ; qtot 1.09 164 NE 17 ARG NE 68 -0.11 14.0067 ; qtot 0.98 165 H 17 ARG HE 68 0.24 1.008 ; qtot 1.22 166 C 17 ARG CZ 68 0.34 12.011 ; qtot 1.56 167 NZ 17 ARG NH1 68 -0.26 14.0067 ; qtot 1.3 168 H 17 ARG HH11 68 0.24 1.008 ; qtot 1.54 169 H 17 ARG HH12 68 0.24 1.008 ; qtot 1.78 170 NZ 17 ARG NH2 68 -0.26 14.0067 ; qtot 1.52 171 H 17 ARG HH21 68 0.24 1.008 ; qtot 1.76 172 H 17 ARG HH22 68 0.24 1.008 ; qtot 2 173 C 17 ARG C 69 0.38 12.011 ; qtot 2.38 174 O 17 ARG O 69 -0.38 15.9994 ; qtot 2 175 N 18 LEU N 70 -0.28 14.0067 ; qtot 1.72 176 H 18 LEU H 70 0.28 1.008 ; qtot 2 177 CH1 18 LEU CA 71 0 13.019 ; qtot 2 178 CH2 18 LEU CB 71 0 14.027 ; qtot 2 179 CH1 18 LEU CG 72 0 13.019 ; qtot 2 180 CH3 18 LEU CD1 72 0 15.035 ; qtot 2 181 CH3 18 LEU CD2 72 0 15.035 ; qtot 2 182 C 18 LEU C 73 0.38 12.011 ; qtot 2.38 183 O 18 LEU O 73 -0.38 15.9994 ; qtot 2 184 N 19 GLU N 74 -0.28 14.0067 ; qtot 1.72 185 H 19 GLU H 74 0.28 1.008 ; qtot 2 186 CH1 19 GLU CA 75 0 13.019 ; qtot 2 187 CH2 19 GLU CB 75 0 14.027 ; qtot 2 188 CH2 19 GLU CG 75 0 14.027 ; qtot 2 189 C 19 GLU CD 76 0.27 12.011 ; qtot 2.27 190 OM 19 GLU OE1 76 -0.635 15.9994 ; qtot 1.635 191 OM 19 GLU OE2 76 -0.635 15.9994 ; qtot 1 192 C 19 GLU C 77 0.38 12.011 ; qtot 1.38 193 O 19 GLU O 77 -0.38 15.9994 ; qtot 1 194 N 20 SER N 78 -0.28 14.0067 ; qtot 0.72 195 H 20 SER H 78 0.28 1.008 ; qtot 1 196 CH1 20 SER CA 79 0 13.019 ; qtot 1 197 CH2 20 SER CB 80 0.15 14.027 ; qtot 1.15 198 OA 20 SER OG 80 -0.548 15.9994 ; qtot 0.602 199 H 20 SER HG 80 0.398 1.008 ; qtot 1 200 C 20 SER C 81 0.38 12.011 ; qtot 1.38 201 O 20 SER O 81 -0.38 15.9994 ; qtot 1 202 N 21 ALA N 82 -0.28 14.0067 ; qtot 0.72 203 H 21 ALA H 82 0.28 1.008 ; qtot 1 204 CH1 21 ALA CA 83 0 13.019 ; qtot 1 205 CH3 21 ALA CB 83 0 15.035 ; qtot 1 206 C 21 ALA C 84 0.53 12.011 ; qtot 1.53 207 O 21 ALA OT 84 -0.38 15.9994 ; qtot 1.15 208 OA 21 ALA O 84 -0.548 15.9994 ; qtot 0.602 209 H 21 ALA HO 84 0.398 1.008 ; qtot 1 [ bonds ] ; ai aj funct c0 c1 c2 c3 1 2 2 gb_2 1 3 2 gb_2 1 4 2 gb_20 4 5 2 gb_26 4 9 2 gb_26 5 6 2 gb_26 6 7 2 gb_30 7 8 2 gb_29 9 10 2 gb_4 9 11 2 gb_9 11 12 2 gb_2 11 13 2 gb_20 13 14 2 gb_26 13 22 2 gb_26 14 15 2 gb_26 15 16 2 gb_26 16 17 2 gb_26 17 18 2 gb_20 18 19 2 gb_2 18 20 2 gb_2 18 21 2 gb_2 22 23 2 gb_4 22 24 2 gb_9 24 25 2 gb_2 24 26 2 gb_20 26 27 2 gb_26 26 34 2 gb_26 27 28 2 gb_26 28 29 2 gb_26 29 30 2 gb_4 29 31 2 gb_8 31 32 2 gb_2 31 33 2 gb_2 34 35 2 gb_4 34 36 2 gb_9 36 37 2 gb_2 36 38 2 gb_20 38 39 2 gb_26 38 43 2 gb_26 39 40 2 gb_26 40 41 2 gb_26 40 42 2 gb_26 43 44 2 gb_4 43 45 2 gb_9 45 46 2 gb_2 45 47 2 gb_20 47 48 2 gb_26 47 49 2 gb_26 49 50 2 gb_4 49 51 2 gb_9 51 52 2 gb_2 51 53 2 gb_20 53 54 2 gb_26 53 58 2 gb_26 54 55 2 gb_26 55 56 2 gb_5 55 57 2 gb_5 58 59 2 gb_4 58 60 2 gb_9 60 61 2 gb_2 60 62 2 gb_20 62 63 2 gb_26 62 66 2 gb_26 63 64 2 gb_17 64 65 2 gb_1 66 67 2 gb_4 66 68 2 gb_9 68 69 2 gb_2 68 70 2 gb_20 70 71 2 gb_26 70 75 2 gb_26 71 72 2 gb_26 72 73 2 gb_26 72 74 2 gb_26 75 76 2 gb_4 75 77 2 gb_9 77 78 2 gb_2 77 79 2 gb_20 79 80 2 gb_26 79 84 2 gb_26 80 81 2 gb_26 81 82 2 gb_30 82 83 2 gb_29 84 85 2 gb_4 84 86 2 gb_9 86 87 2 gb_2 86 88 2 gb_20 88 89 2 gb_26 88 96 2 gb_26 89 90 2 gb_26 90 91 2 gb_26 91 92 2 gb_4 91 93 2 gb_8 93 94 2 gb_2 93 95 2 gb_2 96 97 2 gb_4 96 98 2 gb_9 98 99 2 gb_2 98 100 2 gb_20 100 101 2 gb_26 100 105 2 gb_26 101 102 2 gb_26 102 103 2 gb_26 102 104 2 gb_26 105 106 2 gb_4 105 107 2 gb_9 107 108 2 gb_2 107 109 2 gb_20 109 110 2 gb_26 109 111 2 gb_26 111 112 2 gb_4 111 113 2 gb_9 113 114 2 gb_2 113 115 2 gb_20 115 116 2 gb_26 115 128 2 gb_26 116 117 2 gb_26 117 118 2 gb_26 118 119 2 gb_20 119 120 2 gb_2 119 121 2 gb_10 121 122 2 gb_10 121 125 2 gb_10 122 123 2 gb_2 122 124 2 gb_2 125 126 2 gb_2 125 127 2 gb_2 128 129 2 gb_4 128 130 2 gb_9 130 131 2 gb_2 130 132 2 gb_20 132 133 2 gb_26 132 140 2 gb_26 133 134 2 gb_26 134 135 2 gb_26 135 136 2 gb_4 135 137 2 gb_8 137 138 2 gb_2 137 139 2 gb_2 140 141 2 gb_4 140 142 2 gb_9 142 143 2 gb_2 142 144 2 gb_20 144 145 2 gb_26 144 148 2 gb_26 145 146 2 gb_26 145 147 2 gb_26 148 149 2 gb_4 148 150 2 gb_9 150 151 2 gb_2 150 152 2 gb_20 152 153 2 gb_26 152 156 2 gb_26 153 154 2 gb_17 154 155 2 gb_1 156 157 2 gb_4 156 158 2 gb_9 158 159 2 gb_2 158 160 2 gb_20 160 161 2 gb_26 160 173 2 gb_26 161 162 2 gb_26 162 163 2 gb_26 163 164 2 gb_20 164 165 2 gb_2 164 166 2 gb_10 166 167 2 gb_10 166 170 2 gb_10 167 168 2 gb_2 167 169 2 gb_2 170 171 2 gb_2 170 172 2 gb_2 173 174 2 gb_4 173 175 2 gb_9 175 176 2 gb_2 175 177 2 gb_20 177 178 2 gb_26 177 182 2 gb_26 178 179 2 gb_26 179 180 2 gb_26 179 181 2 gb_26 182 183 2 gb_4 182 184 2 gb_9 184 185 2 gb_2 184 186 2 gb_20 186 187 2 gb_26 186 192 2 gb_26 187 188 2 gb_26 188 189 2 gb_26 189 190 2 gb_5 189 191 2 gb_5 192 193 2 gb_4 192 194 2 gb_9 194 195 2 gb_2 194 196 2 gb_20 196 197 2 gb_26 196 200 2 gb_26 197 198 2 gb_17 198 199 2 gb_1 200 201 2 gb_4 200 202 2 gb_9 202 203 2 gb_2 202 204 2 gb_20 204 205 2 gb_26 204 206 2 gb_26 206 207 2 gb_4 206 208 2 gb_12 208 209 2 gb_1 [ pairs ] ; ai aj funct c0 c1 c2 c3 1 6 1 1 10 1 1 11 1 2 5 1 2 9 1 3 5 1 3 9 1 4 7 1 4 12 1 4 13 1 5 8 1 5 10 1 5 11 1 6 9 1 9 14 1 9 22 1 10 12 1 10 13 1 11 15 1 11 23 1 11 24 1 12 14 1 12 22 1 13 16 1 13 25 1 13 26 1 14 17 1 14 23 1 14 24 1 15 18 1 15 22 1 16 19 1 16 20 1 16 21 1 22 27 1 22 34 1 23 25 1 23 26 1 24 28 1 24 35 1 24 36 1 25 27 1 25 34 1 26 29 1 26 37 1 26 38 1 27 30 1 27 31 1 27 35 1 27 36 1 28 32 1 28 33 1 28 34 1 30 32 1 30 33 1 34 39 1 34 43 1 35 37 1 35 38 1 36 40 1 36 44 1 36 45 1 37 39 1 37 43 1 38 41 1 38 42 1 38 46 1 38 47 1 39 44 1 39 45 1 40 43 1 43 48 1 43 49 1 44 46 1 44 47 1 45 50 1 45 51 1 46 48 1 46 49 1 47 52 1 47 53 1 48 50 1 48 51 1 49 54 1 49 58 1 50 52 1 50 53 1 51 55 1 51 59 1 51 60 1 52 54 1 52 58 1 53 56 1 53 57 1 53 61 1 53 62 1 54 59 1 54 60 1 55 58 1 58 63 1 58 66 1 59 61 1 59 62 1 60 64 1 60 67 1 60 68 1 61 63 1 61 66 1 62 65 1 62 69 1 62 70 1 63 67 1 63 68 1 64 66 1 66 71 1 66 75 1 67 69 1 67 70 1 68 72 1 68 76 1 68 77 1 69 71 1 69 75 1 70 73 1 70 74 1 70 78 1 70 79 1 71 76 1 71 77 1 72 75 1 75 80 1 75 84 1 76 78 1 76 79 1 77 81 1 77 85 1 77 86 1 78 80 1 78 84 1 79 82 1 79 87 1 79 88 1 80 83 1 80 85 1 80 86 1 81 84 1 84 89 1 84 96 1 85 87 1 85 88 1 86 90 1 86 97 1 86 98 1 87 89 1 87 96 1 88 91 1 88 99 1 88 100 1 89 92 1 89 93 1 89 97 1 89 98 1 90 94 1 90 95 1 90 96 1 92 94 1 92 95 1 96 101 1 96 105 1 97 99 1 97 100 1 98 102 1 98 106 1 98 107 1 99 101 1 99 105 1 100 103 1 100 104 1 100 108 1 100 109 1 101 106 1 101 107 1 102 105 1 105 110 1 105 111 1 106 108 1 106 109 1 107 112 1 107 113 1 108 110 1 108 111 1 109 114 1 109 115 1 110 112 1 110 113 1 111 116 1 111 128 1 112 114 1 112 115 1 113 117 1 113 129 1 113 130 1 114 116 1 114 128 1 115 118 1 115 131 1 115 132 1 116 119 1 116 129 1 116 130 1 117 120 1 117 121 1 117 128 1 118 122 1 118 125 1 119 123 1 119 124 1 119 126 1 119 127 1 120 122 1 120 125 1 122 126 1 122 127 1 123 125 1 124 125 1 128 133 1 128 140 1 129 131 1 129 132 1 130 134 1 130 141 1 130 142 1 131 133 1 131 140 1 132 135 1 132 143 1 132 144 1 133 136 1 133 137 1 133 141 1 133 142 1 134 138 1 134 139 1 134 140 1 136 138 1 136 139 1 140 145 1 140 148 1 141 143 1 141 144 1 142 146 1 142 147 1 142 149 1 142 150 1 143 145 1 143 148 1 144 151 1 144 152 1 145 149 1 145 150 1 146 148 1 147 148 1 148 153 1 148 156 1 149 151 1 149 152 1 150 154 1 150 157 1 150 158 1 151 153 1 151 156 1 152 155 1 152 159 1 152 160 1 153 157 1 153 158 1 154 156 1 156 161 1 156 173 1 157 159 1 157 160 1 158 162 1 158 174 1 158 175 1 159 161 1 159 173 1 160 163 1 160 176 1 160 177 1 161 164 1 161 174 1 161 175 1 162 165 1 162 166 1 162 173 1 163 167 1 163 170 1 164 168 1 164 169 1 164 171 1 164 172 1 165 167 1 165 170 1 167 171 1 167 172 1 168 170 1 169 170 1 173 178 1 173 182 1 174 176 1 174 177 1 175 179 1 175 183 1 175 184 1 176 178 1 176 182 1 177 180 1 177 181 1 177 185 1 177 186 1 178 183 1 178 184 1 179 182 1 182 187 1 182 192 1 183 185 1 183 186 1 184 188 1 184 193 1 184 194 1 185 187 1 185 192 1 186 189 1 186 195 1 186 196 1 187 190 1 187 191 1 187 193 1 187 194 1 188 192 1 192 197 1 192 200 1 193 195 1 193 196 1 194 198 1 194 201 1 194 202 1 195 197 1 195 200 1 196 199 1 196 203 1 196 204 1 197 201 1 197 202 1 198 200 1 200 205 1 200 206 1 201 203 1 201 204 1 202 207 1 202 208 1 203 205 1 203 206 1 204 209 1 205 207 1 205 208 1 207 209 1 [ angles ] ; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3 2 1 3 2 ga_9 2 1 4 2 ga_10 3 1 4 2 ga_10 1 4 5 2 ga_12 1 4 9 2 ga_12 5 4 9 2 ga_12 4 5 6 2 ga_14 5 6 7 2 ga_15 6 7 8 2 ga_3 4 9 10 2 ga_29 4 9 11 2 ga_18 10 9 11 2 ga_32 9 11 12 2 ga_31 9 11 13 2 ga_30 12 11 13 2 ga_17 11 13 14 2 ga_12 11 13 22 2 ga_12 14 13 22 2 ga_12 13 14 15 2 ga_14 14 15 16 2 ga_14 15 16 17 2 ga_14 16 17 18 2 ga_14 17 18 19 2 ga_10 17 18 20 2 ga_10 17 18 21 2 ga_10 19 18 20 2 ga_9 19 18 21 2 ga_9 20 18 21 2 ga_9 13 22 23 2 ga_29 13 22 24 2 ga_18 23 22 24 2 ga_32 22 24 25 2 ga_31 22 24 26 2 ga_30 25 24 26 2 ga_17 24 26 27 2 ga_12 24 26 34 2 ga_12 27 26 34 2 ga_12 26 27 28 2 ga_14 27 28 29 2 ga_14 28 29 30 2 ga_29 28 29 31 2 ga_18 30 29 31 2 ga_32 29 31 32 2 ga_22 29 31 33 2 ga_22 32 31 33 2 ga_23 26 34 35 2 ga_29 26 34 36 2 ga_18 35 34 36 2 ga_32 34 36 37 2 ga_31 34 36 38 2 ga_30 37 36 38 2 ga_17 36 38 39 2 ga_12 36 38 43 2 ga_12 39 38 43 2 ga_12 38 39 40 2 ga_14 39 40 41 2 ga_14 39 40 42 2 ga_14 41 40 42 2 ga_14 38 43 44 2 ga_29 38 43 45 2 ga_18 44 43 45 2 ga_32 43 45 46 2 ga_31 43 45 47 2 ga_30 46 45 47 2 ga_17 45 47 48 2 ga_12 45 47 49 2 ga_12 48 47 49 2 ga_12 47 49 50 2 ga_29 47 49 51 2 ga_18 50 49 51 2 ga_32 49 51 52 2 ga_31 49 51 53 2 ga_30 52 51 53 2 ga_17 51 53 54 2 ga_12 51 53 58 2 ga_12 54 53 58 2 ga_12 53 54 55 2 ga_14 54 55 56 2 ga_21 54 55 57 2 ga_21 56 55 57 2 ga_37 53 58 59 2 ga_29 53 58 60 2 ga_18 59 58 60 2 ga_32 58 60 61 2 ga_31 58 60 62 2 ga_30 61 60 62 2 ga_17 60 62 63 2 ga_12 60 62 66 2 ga_12 63 62 66 2 ga_12 62 63 64 2 ga_12 63 64 65 2 ga_11 62 66 67 2 ga_29 62 66 68 2 ga_18 67 66 68 2 ga_32 66 68 69 2 ga_31 66 68 70 2 ga_30 69 68 70 2 ga_17 68 70 71 2 ga_12 68 70 75 2 ga_12 71 70 75 2 ga_12 70 71 72 2 ga_14 71 72 73 2 ga_14 71 72 74 2 ga_14 73 72 74 2 ga_14 70 75 76 2 ga_29 70 75 77 2 ga_18 76 75 77 2 ga_32 75 77 78 2 ga_31 75 77 79 2 ga_30 78 77 79 2 ga_17 77 79 80 2 ga_12 77 79 84 2 ga_12 80 79 84 2 ga_12 79 80 81 2 ga_14 80 81 82 2 ga_15 81 82 83 2 ga_3 79 84 85 2 ga_29 79 84 86 2 ga_18 85 84 86 2 ga_32 84 86 87 2 ga_31 84 86 88 2 ga_30 87 86 88 2 ga_17 86 88 89 2 ga_12 86 88 96 2 ga_12 89 88 96 2 ga_12 88 89 90 2 ga_14 89 90 91 2 ga_14 90 91 92 2 ga_29 90 91 93 2 ga_18 92 91 93 2 ga_32 91 93 94 2 ga_22 91 93 95 2 ga_22 94 93 95 2 ga_23 88 96 97 2 ga_29 88 96 98 2 ga_18 97 96 98 2 ga_32 96 98 99 2 ga_31 96 98 100 2 ga_30 99 98 100 2 ga_17 98 100 101 2 ga_12 98 100 105 2 ga_12 101 100 105 2 ga_12 100 101 102 2 ga_14 101 102 103 2 ga_14 101 102 104 2 ga_14 103 102 104 2 ga_14 100 105 106 2 ga_29 100 105 107 2 ga_18 106 105 107 2 ga_32 105 107 108 2 ga_31 105 107 109 2 ga_30 108 107 109 2 ga_17 107 109 110 2 ga_12 107 109 111 2 ga_12 110 109 111 2 ga_12 109 111 112 2 ga_29 109 111 113 2 ga_18 112 111 113 2 ga_32 111 113 114 2 ga_31 111 113 115 2 ga_30 114 113 115 2 ga_17 113 115 116 2 ga_12 113 115 128 2 ga_12 116 115 128 2 ga_12 115 116 117 2 ga_14 116 117 118 2 ga_14 117 118 119 2 ga_12 118 119 120 2 ga_19 118 119 121 2 ga_32 120 119 121 2 ga_22 119 121 122 2 ga_27 119 121 125 2 ga_27 122 121 125 2 ga_27 121 122 123 2 ga_22 121 122 124 2 ga_22 123 122 124 2 ga_23 121 125 126 2 ga_22 121 125 127 2 ga_22 126 125 127 2 ga_23 115 128 129 2 ga_29 115 128 130 2 ga_18 129 128 130 2 ga_32 128 130 131 2 ga_31 128 130 132 2 ga_30 131 130 132 2 ga_17 130 132 133 2 ga_12 130 132 140 2 ga_12 133 132 140 2 ga_12 132 133 134 2 ga_14 133 134 135 2 ga_14 134 135 136 2 ga_29 134 135 137 2 ga_18 136 135 137 2 ga_32 135 137 138 2 ga_22 135 137 139 2 ga_22 138 137 139 2 ga_23 132 140 141 2 ga_29 132 140 142 2 ga_18 141 140 142 2 ga_32 140 142 143 2 ga_31 140 142 144 2 ga_30 143 142 144 2 ga_17 142 144 145 2 ga_12 142 144 148 2 ga_12 145 144 148 2 ga_12 144 145 146 2 ga_14 144 145 147 2 ga_14 146 145 147 2 ga_14 144 148 149 2 ga_29 144 148 150 2 ga_18 149 148 150 2 ga_32 148 150 151 2 ga_31 148 150 152 2 ga_30 151 150 152 2 ga_17 150 152 153 2 ga_12 150 152 156 2 ga_12 153 152 156 2 ga_12 152 153 154 2 ga_12 153 154 155 2 ga_11 152 156 157 2 ga_29 152 156 158 2 ga_18 157 156 158 2 ga_32 156 158 159 2 ga_31 156 158 160 2 ga_30 159 158 160 2 ga_17 158 160 161 2 ga_12 158 160 173 2 ga_12 161 160 173 2 ga_12 160 161 162 2 ga_14 161 162 163 2 ga_14 162 163 164 2 ga_12 163 164 165 2 ga_19 163 164 166 2 ga_32 165 164 166 2 ga_22 164 166 167 2 ga_27 164 166 170 2 ga_27 167 166 170 2 ga_27 166 167 168 2 ga_22 166 167 169 2 ga_22 168 167 169 2 ga_23 166 170 171 2 ga_22 166 170 172 2 ga_22 171 170 172 2 ga_23 160 173 174 2 ga_29 160 173 175 2 ga_18 174 173 175 2 ga_32 173 175 176 2 ga_31 173 175 177 2 ga_30 176 175 177 2 ga_17 175 177 178 2 ga_12 175 177 182 2 ga_12 178 177 182 2 ga_12 177 178 179 2 ga_14 178 179 180 2 ga_14 178 179 181 2 ga_14 180 179 181 2 ga_14 177 182 183 2 ga_29 177 182 184 2 ga_18 183 182 184 2 ga_32 182 184 185 2 ga_31 182 184 186 2 ga_30 185 184 186 2 ga_17 184 186 187 2 ga_12 184 186 192 2 ga_12 187 186 192 2 ga_12 186 187 188 2 ga_14 187 188 189 2 ga_14 188 189 190 2 ga_21 188 189 191 2 ga_21 190 189 191 2 ga_37 186 192 193 2 ga_29 186 192 194 2 ga_18 193 192 194 2 ga_32 192 194 195 2 ga_31 192 194 196 2 ga_30 195 194 196 2 ga_17 194 196 197 2 ga_12 194 196 200 2 ga_12 197 196 200 2 ga_12 196 197 198 2 ga_12 197 198 199 2 ga_11 196 200 201 2 ga_29 196 200 202 2 ga_18 201 200 202 2 ga_32 200 202 203 2 ga_31 200 202 204 2 ga_30 203 202 204 2 ga_17 202 204 205 2 ga_12 202 204 206 2 ga_12 205 204 206 2 ga_12 204 206 207 2 ga_29 204 206 208 2 ga_29 207 206 208 2 ga_32 206 208 209 2 ga_11 [ dihedrals ] ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5 2 1 4 9 1 gd_14 1 4 5 6 1 gd_17 1 4 9 11 1 gd_20 4 5 6 7 1 gd_17 5 6 7 8 1 gd_13 4 9 11 13 1 gd_4 9 11 13 22 1 gd_19 11 13 14 15 1 gd_17 11 13 22 24 1 gd_20 13 14 15 16 1 gd_17 14 15 16 17 1 gd_17 15 16 17 18 1 gd_17 16 17 18 19 1 gd_14 13 22 24 26 1 gd_4 22 24 26 34 1 gd_19 24 26 27 28 1 gd_17 24 26 34 36 1 gd_20 26 27 28 29 1 gd_17 27 28 29 31 1 gd_20 28 29 31 32 1 gd_4 26 34 36 38 1 gd_4 34 36 38 43 1 gd_19 36 38 39 40 1 gd_17 36 38 43 45 1 gd_20 38 39 40 41 1 gd_17 38 43 45 47 1 gd_4 43 45 47 49 1 gd_19 45 47 49 51 1 gd_20 47 49 51 53 1 gd_4 49 51 53 58 1 gd_19 51 53 54 55 1 gd_17 51 53 58 60 1 gd_20 53 54 55 56 1 gd_20 53 58 60 62 1 gd_4 58 60 62 66 1 gd_19 60 62 63 64 1 gd_17 60 62 66 68 1 gd_20 62 63 64 65 1 gd_12 62 66 68 70 1 gd_4 66 68 70 75 1 gd_19 68 70 71 72 1 gd_17 68 70 75 77 1 gd_20 70 71 72 73 1 gd_17 70 75 77 79 1 gd_4 75 77 79 84 1 gd_19 77 79 80 81 1 gd_17 77 79 84 86 1 gd_20 79 80 81 82 1 gd_17 80 81 82 83 1 gd_13 79 84 86 88 1 gd_4 84 86 88 96 1 gd_19 86 88 89 90 1 gd_17 86 88 96 98 1 gd_20 88 89 90 91 1 gd_17 89 90 91 93 1 gd_20 90 91 93 94 1 gd_4 88 96 98 100 1 gd_4 96 98 100 105 1 gd_19 98 100 101 102 1 gd_17 98 100 105 107 1 gd_20 100 101 102 103 1 gd_17 100 105 107 109 1 gd_4 105 107 109 111 1 gd_19 107 109 111 113 1 gd_20 109 111 113 115 1 gd_4 111 113 115 128 1 gd_19 113 115 116 117 1 gd_17 113 115 128 130 1 gd_20 115 116 117 118 1 gd_17 116 117 118 119 1 gd_17 117 118 119 121 1 gd_19 118 119 121 122 1 gd_4 119 121 122 123 1 gd_4 119 121 125 126 1 gd_4 115 128 130 132 1 gd_4 128 130 132 140 1 gd_19 130 132 133 134 1 gd_17 130 132 140 142 1 gd_20 132 133 134 135 1 gd_17 133 134 135 137 1 gd_20 134 135 137 138 1 gd_4 132 140 142 144 1 gd_4 140 142 144 148 1 gd_19 142 144 145 146 1 gd_17 142 144 148 150 1 gd_20 144 148 150 152 1 gd_4 148 150 152 156 1 gd_19 150 152 153 154 1 gd_17 150 152 156 158 1 gd_20 152 153 154 155 1 gd_12 152 156 158 160 1 gd_4 156 158 160 173 1 gd_19 158 160 161 162 1 gd_17 158 160 173 175 1 gd_20 160 161 162 163 1 gd_17 161 162 163 164 1 gd_17 162 163 164 166 1 gd_19 163 164 166 167 1 gd_4 164 166 167 168 1 gd_4 164 166 170 171 1 gd_4 160 173 175 177 1 gd_4 173 175 177 182 1 gd_19 175 177 178 179 1 gd_17 175 177 182 184 1 gd_20 177 178 179 180 1 gd_17 177 182 184 186 1 gd_4 182 184 186 192 1 gd_19 184 186 187 188 1 gd_17 184 186 192 194 1 gd_20 186 187 188 189 1 gd_17 187 188 189 191 1 gd_20 186 192 194 196 1 gd_4 192 194 196 200 1 gd_19 194 196 197 198 1 gd_17 194 196 200 202 1 gd_20 196 197 198 199 1 gd_12 196 200 202 204 1 gd_4 200 202 204 206 1 gd_19 202 204 206 208 1 gd_20 204 206 208 209 1 gd_3 [ dihedrals ] ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 4 1 9 5 2 gi_2 9 4 11 10 2 gi_1 11 9 13 12 2 gi_1 13 11 22 14 2 gi_2 22 13 24 23 2 gi_1 24 22 26 25 2 gi_1 26 24 34 27 2 gi_2 28 31 30 29 2 gi_1 29 33 32 31 2 gi_1 34 26 36 35 2 gi_1 36 34 38 37 2 gi_1 38 36 43 39 2 gi_2 39 41 42 40 2 gi_2 43 38 45 44 2 gi_1 45 43 47 46 2 gi_1 47 45 49 48 2 gi_2 49 47 51 50 2 gi_1 51 49 53 52 2 gi_1 53 51 58 54 2 gi_2 54 57 56 55 2 gi_1 58 53 60 59 2 gi_1 60 58 62 61 2 gi_1 62 60 66 63 2 gi_2 66 62 68 67 2 gi_1 68 66 70 69 2 gi_1 70 68 75 71 2 gi_2 71 73 74 72 2 gi_2 75 70 77 76 2 gi_1 77 75 79 78 2 gi_1 79 77 84 80 2 gi_2 84 79 86 85 2 gi_1 86 84 88 87 2 gi_1 88 86 96 89 2 gi_2 90 93 92 91 2 gi_1 91 95 94 93 2 gi_1 96 88 98 97 2 gi_1 98 96 100 99 2 gi_1 100 98 105 101 2 gi_2 101 103 104 102 2 gi_2 105 100 107 106 2 gi_1 107 105 109 108 2 gi_1 109 107 111 110 2 gi_2 111 109 113 112 2 gi_1 113 111 115 114 2 gi_1 115 113 128 116 2 gi_2 119 118 121 120 2 gi_1 119 125 122 121 2 gi_1 121 124 123 122 2 gi_1 121 127 126 125 2 gi_1 128 115 130 129 2 gi_1 130 128 132 131 2 gi_1 132 130 140 133 2 gi_2 134 137 136 135 2 gi_1 135 139 138 137 2 gi_1 140 132 142 141 2 gi_1 142 140 144 143 2 gi_1 144 142 148 145 2 gi_2 144 146 147 145 2 gi_2 148 144 150 149 2 gi_1 150 148 152 151 2 gi_1 152 150 156 153 2 gi_2 156 152 158 157 2 gi_1 158 156 160 159 2 gi_1 160 158 173 161 2 gi_2 164 163 166 165 2 gi_1 164 170 167 166 2 gi_1 166 169 168 167 2 gi_1 166 172 171 170 2 gi_1 173 160 175 174 2 gi_1 175 173 177 176 2 gi_1 177 175 182 178 2 gi_2 178 180 181 179 2 gi_2 182 177 184 183 2 gi_1 184 182 186 185 2 gi_1 186 184 192 187 2 gi_2 188 191 190 189 2 gi_1 192 186 194 193 2 gi_1 194 192 196 195 2 gi_1 196 194 200 197 2 gi_2 200 196 202 201 2 gi_1 202 200 204 203 2 gi_1 204 202 206 205 2 gi_2 206 204 207 208 2 gi_1 ; Include Position restraint file #ifdef POSRES #include "posre.itp" #endif ; Include water topology #include "spc.itp" #ifdef POSRES_WATER ; Position restraint for each water oxygen [ position_restraints ] ; i funct fcx fcy fcz 1 1 1000 1000 1000 #endif ; Include generic topology for ions #include "ions.itp" [ system ] ; Name Protein in water [ molecules ] ; Compound #mols Protein 1 SOL 9426 Na+ 1 Cl- 2